Der Westernachbau wurde 1591 unter Komtur Eustach von Westernach auf den mittelalterlichen Grundmauern mit dem noch heute sichtbaren Renaissancegiebel auf der Ostseite errichtet und enthält die Repräsentationsräume des Schlosses: Den Rittersaal mit reichen Stuckaturen, die Schlosskapelle mit spätgotischem Sterngewölbe und Freskenmalereien sowie das Fürstenzimmer.

Ein Teil der Räume wird von der Verwaltung der Akademie genutzt, die übrigen Räume für Proben, Konzerte und besondere Veranstaltungen.

Der Hohenlohebau mit dem vorspringenden barocken Ostgiebel aus dem Jahr 1538 wurde von Franz Keller an Stelle eines bestehenden Gebäudes neu errichtet. Im Gebäude ist die Schlossgaststätte eingerichtet, die als zentrale Gastronomie-Einrichtung sowohl Gäste und Touristen als auch die Tagungsteilnehmer verpflegt. In den darüber liegenden Geschossen sind Musikübungs- und Tagungsräume.

Der Küchenbau – sein Name gibt die ursprüngliche Funktion an – schließt als Teil des Hochschlosses nordseitig den obersten Schlosshof ab, der im Sommer ebenfalls bewirtet ist. Im Gebäude sind heute Nebenräume der Gaststätte, sowie 3 Gästezimmer untergebracht.

Das Kaplaneigebäude – ein ehemaliges Wohngebäude wohl für den Geistlichen des Schlosses – ist eines der ältesten noch vorhandenen Gebäude. Es stammt aus dem 13. Jahrhundert und ist im 16. Jahrhundert umgestaltet: Turmzimmer, Kreuzgewölbe und das Eingangsportal zeigen noch deutlich gotische Merkmale. Die endgültige Renovierung des Gebäudes erfolgte erst in der zweiten Baustufe mit Fertigstellung Ende 2005. In der Kaplanei sind Bibliothek, Mediathek und Verwaltung untergebracht. Dazu wurde die Grundrissstruktur von nachträglich eingebauten Wandteilen befreit. Außerdem soll im Erdgeschoss ein Informationszentrum eingerichtet werden, in dem man Historisches und Aktuelles über das Schloss und seine Nutzer erfahren kann.

Der mittelalterliche Burggraben, der sich vor dem Kaplaneigebäude befand, wurde 1743 mit einem Torhaus, dem Forstmeisterstallgebäude überbaut. Das Gebäude markiert mit seinen Rokkoko Giebeln, der Tordurchfahrt und der reich verzierten Südfassade den Beginn des Hochschlossensembles.

Hier hat seit 2012 das Zentrum Musik Gesundheit Prävention (ZMGP) seinen Hauptitz, welches sich mit Bewegungsprogrammen, sowie Projekten und Fortbildungen aktiv für die Musikergesundheit einsetzt. Außerdem wurde 2008 eine Terrasse angelegt, von der aus man bei Kaffe und Kuchen einen weiten Blick ins Land hat.

Die freistehende Lorenzkapelle wurde 1715 von Franz Keller vollkommen umgebaut. Der Innenraum mit Stuckaturen von Franz Joseph Roth, gliedert sich in ein zweijochiges Langhaus mit eingezogenem Chor und kleiner Empore.

Die Lorenzkapelle wird von der evangelischen Kirchengemeinde für Gottesdienste genutzt, von der Akademie als Proben- und Konzertraum und außerdem finden dort zunehmend Trauungen statt.

Brauerei- und Forstamtsgebäude schließen den unteren, trapezförmigen Schlosshof, der 1719 als Wirtschaftshof neu organisiert wurde, nach Osten hin ab. Ihr Name gibt eindeutig Aufschluss über die frühere Nutzung. In Brauerei- und Forstamtsgebäude sind in modernen, neu gestalteten 1- bis 3-Bett-Zimmern, überwiegend mit Sanitärzelle, Übernachtungsmöglichkeiten für insgesamt 108 Akademieteilnehmer geschaffen worden. Gleichzeitig gibt es einige wenige Freizeiträume. Die Räume im 1. Obergeschoss des Forstamtsgebäudes sollen 2009/10 ebenfalls noch mit Sanitärzellen in jedem Raum ausgestattet werden.

Der Zugang zu Schloss Kapfenburg wird nach Vorbild des oberitalienischen Festungsbaus vom unteren Torhaus überwacht und der Bastei gesichert. Komtur Johann Graf von Hohenlohe ließ die Bastei 1534 als massiven Bau mit dicken Sandsteinquadermauern, bekrönt mit abgerundeten Zinnen, einer stark bossierten Tordurchfahrt und einem zum Innenhof orientierten barocken Volutengiebel errichten Das Torhaus ist zur Unterbringung von Dozenten und Lehrbeauftragten der Akademie umgebaut und hergerichtet worden.

Das Bandhaus und die Schlossscheuer, beides Scheunengebäude aus dem frühen 18. Jahrhundert, sind zusammengebaut und begrenzen den unteren Schlosshof im Anschluss an das Torhaus nach Süden. Im Bandhaus – der ehemaligen Küferei – wurden ein Teil der Verwaltung, Serviceräume sowie Aufenthalts- und Clubräume für die Akademieteilnehmer untergebracht. Außerdem im Dachstuhl ein Raum für körperliche Betätigung der Akademieteilnehmer. Die neuen Räume wurden 2006 eingeweiht. Die Schlossscheuer dient als Empfangshalle für die Akademie- und Konzertbesucher sowie als Foyer des Konzertsaales, der im Fruchtkasten untergebracht ist.

Der Fruchtkasten oder Ochsenkastenbau, 1719 von Franz Keller als Speicher- und Stallbau errichtet, schließt im Winkel an die Schlossscheuer an. Die Tordurchfahrt ziert ein hoher, geschwungener Giebel. Im Obergeschoss ist der zentrale multifunktionale Proben- und Konzertsaal eingerichtet, in dem das Dachtragwerk sichtbar gelassen wurde. Das Erdgeschoss, von Sponsoren ausgebaut, dient als überdachte Fläche bei Freiluftveranstaltungen.

Das Trysoleigebäude als erhöhtes Verbindungsgebäude zwischen Hochschlossensemble und unterem Schlosshof wurde für die Finanzverwaltung (= Trysolei) der Kommende des Deutschen Ordens als Verwaltungsgebäude errichtet. In dem Haus befinden sich in den Obergeschossen zwei Wohnungen für die Angestellten der Akademie. Im Erdgeschoss ist die Heizzentrale für das gesamte Schlossareal eingebaut.